ToDo:
一部のパッケージのエントリが壊れているようで、アップグレード時のdelete操作でエラーが出て消えない orz
色々試したが、どうにもならないっぽぃ…
流石に、pkgが管理してるデータベースの内部構造を調べて、エントリ単位の整合性検査・修復は面倒過ぎる
データベースを削除して、インストール済みのportsをすべて入れ直せば良いはずなのだが、コンパイル時間がネック
/usr/localを残したまま作業すると、依存性チェックによる依存portsのインストールが発動しないケースがでるはずなので、インストール順と一部のFLAVOR付きportsに注意が必要(py27/py36の共存系が…)
pkg query %oの出力を控えておき、/var/db/pkg/local.sqliteを削除してからmake install clean -C /usr/ports/...で上書きインストール
/usr/localを削除せずに行ったので、一部のportsは依存portsのインストールがスキップされるので、依存関係の一部が欠落した状態になるため、再度portupgrade -afで再インストールを実施
結局、1100個ぐらいのportsを再コンパイルを2セット行い、i7-6700で全行程2日ぐらいかかった
また、portupgrade -afだとFLAVOR=py36系の再インストールがうまくいかないので、手動で実行した
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