ToDo:
pkg query %oの出力を控えておき、/var/db/pkg/local.sqliteを削除してからmake install clean -C /usr/ports/...で上書きインストール
/usr/localを削除せずに行ったので、一部のportsは依存portsのインストールがスキップされるので、依存関係の一部が欠落した状態になるため、再度portupgrade -afで再インストールを実施
結局、1100個ぐらいのportsを再コンパイルを2セット行い、i7-6700で全行程2日ぐらいかかった
また、portupgrade -afだとFLAVOR=py36系の再インストールがうまくいかないので、手動で実行した
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